Struktur organisasi Kodam Jaya disusun dalam dua tingkat yaitu tingkat Markas Komando dan Tingkat Satuan Pelaksana Kodam Jaya

Komando Markas terdiri dari 4 eselon yaitu :
TINGKAT MARKAS KOMANDO
1. Eselon Pimpinan Pangdam Jaya
2. Eselon Pembantu Pimpinan terdiri dari
a. Kepada Staf Kodam (Kasdam)
b. Asisten Intelijen
c. Asisten Operasi
d. Asisten Personil
e. Asisten Logistik
f. Asisten Teritorial
g. Asisten Perencanaan
3. Eselon Staf Pelayanan terdiri dari :
a. Sekretariat Umum Kodam Jaya
b. Sandi Kodam Jaya
c. Informasi & Pengolahan Data Kodam Jaya
d. Detasemen Markas
4. Eselon Badan Pelaksana Kodam Jaya
a. Penerangan Kodam Jaya
b. Pembinaan Mental Kodam Jaya
c. Jasmani Kodam Jaya
d. Topografi Kodam Jaya
e. Badan Pembinaan Administrasi Veteran dan
Cadangan
f. Ajudan Jenderal Kodam Jaya
g. Perbekalan dan Angkutan Kodam Jaya
h. Keuangan Kodam Jaya
i. Hukum Kodam Jaya
j. Perhubungan Kodam Jaya
k. Peralatan Kodam Jaya
l. Zeni Kodam Jaya
m. Polisi Militer Kodam Jaya
n. Kesehatan Kodam Jaya

TINGKAT KOMANDO SATUAN PELAKSANA KODAM
1. Korem 051/WKT
2. Korem 052 WKR
3. Resimen Induk Militer Kodam Jaya