Struktur organisasi Kodam Iskandar Muda disusun dalam dua tingkat yaitu tingkat Markas Komando dan Tingkat Satuan Pelaksana Kodam Iskandar Muda

Komando Markas terdiri dari 4 eselon yaitu :
TINGKAT MARKAS KOMANDO
1. Eselon Pimpinan Pangdam Iskandar Muda
2. Eselon Pembantu Pimpinan terdiri dari
a. Kepada Staf Kodam (Kasdam)
b. Asisten Intelijen
c. Asisten Operasi
d. Asisten Personil
e. Asisten Logistik
f. Asisten Teritorial
g. Asisten Perencanaan
3. Eselon Staf Pelayanan terdiri dari :
a. Sekretariat Umum Kodam Iskandar Muda
b. Sandi Kodam Iskandar Muda
c. Informasi & Pengolahan Data Kodam
Iskandar Muda
d. Detasemen Markas
4. Eselon Badan Pelaksana Kodam Iskandar Muda
a. Penerangan Kodam Iskandar Muda
b. Pembinaan Mental Kodam Iskandar Muda
c. Jasmani Kodam Iskandar Muda
d. Topografi Kodam Iskandar Muda
e. Badan Pembinaan Administrasi Veteran dan
Cadangan
f. Ajudan Jenderal Kodam Iskandar Muda
g. Perbekalan dan Angkutan Kodam Iskandar Muda
h. Keuangan Kodam Iskandar Muda
i. Hukum Kodam Iskandar Muda
j. Perhubungan Kodam Iskandar Muda
k. Peralatan Kodam Iskandar Muda
l. Zeni Kodam Iskandar Muda
m. Polisi Militer Kodam Iskandar Muda
n. Kesehatan Kodam Iskandar Muda

TINGKAT KOMANDO SATUAN PELAKSANA KODAM
1. Korem 011/LW
2. Korem 012/TU