Struktur organisasi Kodam IX/Udayana disusun dalam dua tingkat yaitu tingkat Markas Komando dan Tingkat Satuan Pelaksana Kodam IX/Udayana

Komando Markas terdiri dari 4 eselon yaitu :
TINGKAT MARKAS KOMANDO
1. Eselon Pimpinan Pangdam IX/Udayana
2. Eselon Pembantu Pimpinan terdiri dari
a. Kepada Staf Kodam (Kasdam)
b. Asisten Intelijen
c. Asisten Operasi
d. Asisten Personil
e. Asisten Logistik
f. Asisten Teritorial
g. Asisten Perencanaan
3. Eselon Staf Pelayanan terdiri dari :
a. Sekretariat Umum Kodam IX/Udayana
b. Sandi Kodam IX/Udayana
c. Informasi & Pengolahan Data Kodam IX/Udayana
d. Detasemen Markas
4. Eselon Badan Pelaksana Kodam IX/Udayana
a. Penerangan Kodam IX/Udayana
b. Pembinaan Mental Kodam IX/Udayana
c. Jasmani Kodam IX/Udayana
d. Topografi Kodam IX/Udayana
e. Badan Pembinaan Administrasi Veteran dan
Cadangan
f. Ajudan Jenderal Kodam IX/Udayana
g. Perbekalan dan Angkutan Kodam IX/Udayana
h. Keuangan Kodam IX/Udayana
i. Hukum Kodam IX/Udayana
j. Perhubungan Kodam IX/Udayana
k. Peralatan Kodam IX/Udayana
l. Zeni Kodam IX/Udayana
m. Polisi Militer Kodam IX/Udayana
n. Kesehatan Kodam IX/Udayana

TINGKAT KOMANDO SATUAN PELAKSANA KODAM
1. Korem 161/WS
2. Korem 162/WB
3. Korem 163/WS
5. Resimen Induk Militer Kodam IX/Udayana