Struktur organisasi Kodam VII/Wirabuana disusun dalam dua tingkat yaitu tingkat Markas Komando dan Tingkat Satuan Pelaksana Kodam VII/Wirabuana.

Komando Markas terdiri dari 4 eselon yaitu :
TINGKAT MARKAS KOMANDO
1. Eselon Pimpinan Pangdam VII/Wirabuana
2. Eselon Pembantu Pimpinan terdiri dari
a. Kepada Staf Kodam (Kasdam)
b. Asisten Intelijen
c. Asisten Operasi
d. Asisten Personil
e. Asisten Logistik
f. Asisten Teritorial
g. Asisten Perencanaan
3. Eselon Staf Pelayanan terdiri dari :
a. Sekretariat Umum Kodam VII/Wirabuana
b. Sandi Kodam VII/Wirabuana
c. Informasi & Pengolahan Data Kodam
VI/Tanjungpura
d. Detasemen Markas
4. Eselon Badan Pelaksana Kodam VII/Wirabuana
a. Penerangan Kodam VII/Wirabuana
b. Pembinaan Mental Kodam VII/Wirabuana
c. Jasmani Kodam VII/Wirabuana
d. Topografi Kodam VII/Wirabuana
e. Badan Pembinaan Administrasi Veteran dan
Cadangan
f. Ajudan Jenderal Kodam VII/Wirabuana
g. Perbekalan dan Angkutan Kodam VII/Wirabuana
h. Keuangan Kodam VII/Wirabuana
i. Hukum Kodam VII/Wirabuana
j. Perhubungan Kodam VII/Wirabuana
k. Peralatan Kodam VII/Wirabuana
l. Zeni Kodam VII/Wirabuana
m. Polisi Militer Kodam VII/Wirabuana
n. Kesehatan Kodam VII/Wirabuana

TINGKAT KOMANDO SATUAN PELAKSANA KODAM
1. Korem 131/STG
2. Korem 132/TDL
3. Korem 141/TP
4. Korem 142/TTG
5. Korem 143/HO
6. Resimen Induk Militer Kodam VII/Wirabuana