Struktur organisasi Kodam IV/Diponegoro disusun dalam dua tingkat yaitu tingkat Markas Komando dan Tingkat Satuan Pelaksana Kodam IV/Diponegoro.

Komando Markas terdiri dari 4 eselon yaitu :
TINGKAT MARKAS KOMANDO
1. Eselon Pimpinan Pangdam IV/Diponegoro
2. Eselon Pembantu Pimpinan terdiri dari
a. Kepada Staf Kodam (Kasdam)
b. Asisten Intelijen
c. Asisten Operasi
d. Asisten Personil
e. Asisten Logistik
f. Asisten Teritorial
g. Asisten Perencanaan
3. Eselon Staf Pelayanan terdiri dari :
a. Sekretariat Umum Kodam IV/Diponegoro
b. Sandi Kodam IV/Diponegoro
c. Informasi & Pengolahan Data Kodam IV/Diponegoro
d. Detasemen Markas
4. Eselon Badan Pelaksana Kodam IV/Diponegoro
a. Penerangan Kodam IV/Diponegoro
b. Pembinaan Mental Kodam IV/Diponegoro
c. Jasmani Kodam IV/Diponegoro
d. Topografi Kodam IV/Diponegoro
e. Badan Pembinaan Administrasi Veteran dan
Cadangan
f. Ajudan Jenderal Kodam IV/Diponegoro
g. Perbekalan dan Angkutan Kodam IV/Diponegoro
h. Keuangan Kodam IV/Diponegoro
i. Hukum Kodam IV/Diponegoro
j. Perhubungan Kodam IV/Diponegoro
k. Peralatan Kodam IV/Diponegoro
l. Zeni Kodam IV/Diponegoro
m. Polisi Militer Kodam IV/Diponegoro
n. Kesehatan Kodam IV/Diponegoro

TINGKAT KOMANDO SATUAN PELAKSANA KODAM
1. Korem 071/WK
2. Korem 072/PMK
3. Korem 073/MKT
4. Korem 074/WRT
5. Resimen Induk Militer Kodam IV/Diponegoro