Struktur organisasi Kodam III/Siliwangi disusun dalam dua tingkat yaitu tingkat Markas Komando dan Tingkat Satuan Pelaksana Kodam III/Siliwangi .

Komando Markas terdiri dari 4 eselon yaitu :
TINGKAT MARKAS KOMANDO
1. Eselon Pimpinan Pangdam III/Siliwangi
2. Eselon Pembantu Pimpinan terdiri dari
a. Kepada Staf Kodam (Kasdam)
b. Asisten Intelijen
c. Asisten Operasi
d. Asisten Personil
e. Asisten Logistik
f. Asisten Teritorial
g. Asisten Perencanaan
3. Eselon Staf Pelayanan terdiri dari :
a. Sekretariat Umum Kodam III/Siliwangi
b. Sandi Kodam III/Siliwangi
c. Informasi & Pengolahan Data Kodam III/Siliwangi
d. Detasemen Markas
4. Eselon Badan Pelaksana Kodam III/Siliwangi
a. Penerangan Kodam III/Siliwangi
b. Pembinaan Mental Kodam III/Siliwangi
c. Jasmani Kodam III/Siliwangi
d. Topografi Kodam III/Siliwangi
e. Badan Pembinaan Administrasi Veteran dan
Cadangan
f. Ajudan Jenderal Kodam III/Siliwangi
g. Perbekalan dan Angkutan Kodam III/Siliwangi
h. Keuangan Kodam III/Siliwangi
i. Hukum Kodam III/Siliwangi
j. Perhubungan Kodam III/Siliwangi
k. Peralatan Kodam III/Siliwangi
l. Zeni Kodam III/Siliwangi
m. Polisi Militer Kodam III/Siliwangi
n. Kesehatan Kodam III/Siliwangi

TINGKAT KOMANDO SATUAN PELAKSANA KODAM
1. Korem 061/SK
2. Korem 062/TN
3. Korem 063/SGJ
4. Korem 064/MY
5. Resimen Induk Militer Kodam III/Siliwangi