Struktur organisasi Kodam II/Sriwijaya disusun dalam dua tingkat yaitu tingkat Markas Komando dan Tingkat Satuan Pelaksana Kodam II/Sriwijaya .

Komando Markas terdiri dari 4 eselon yaitu :
TINGKAT MARKAS KOMANDO
1. Eselon Pimpinan Pangdam II/Sriwijaya
2. Eselon Pembantu Pimpinan terdiri dari
a. Kepada Staf Kodam (Kasdam)
b. Asisten Intelijen
c. Asisten Operasi
d. Asisten Personil
e. Asisten Logistik
f. Asisten Teritorial
g. Asisten Perencanaan
3. Eselon Staf Pelayanan terdiri dari :
a. Sekretariat Umum Kodam II/Sriwijaya
b. Sandi Kodam II/Sriwijaya
c. Informasi & Pengolahan Data Kodam II/Sriwijaya
d. Detasemen Markas
4. Eselon Badan Pelaksana Kodam II/Sriwijaya
a. Penerangan Kodam II/Sriwijaya
b. Pembinaan Mental Kodam II/Sriwijaya
c. Jasmani Kodam II/Sriwijaya
d. Topografi Kodam II/Sriwijaya
e. Badan Pembinaan Administrasi Veteran dan
Cadangan
f. Ajudan Jenderal Kodam II/Sriwijaya
g. Perbekalan dan Angkutan Kodam II/Sriwijaya
h. Keuangan Kodam II/Sriwijaya
i. Hukum Kodam II/Sriwijaya
j. Perhubungan Kodam II/Sriwijaya
k. Peralatan Kodam II/Sriwijaya
l. Zeni Kodam II/Sriwijaya
m. Polisi Militer Kodam II/Sriwijaya
n. Kesehatan Kodam II/Sriwijaya

TINGKAT KOMANDO SATUAN PELAKSANA KODAM
1. Korem 041/Gamas
2. Korem 042/Gapu
3. Korem 043/Gatam
4. Korem 044/Gapo
5. Resimen Induk Militer Kodam II/Sriwijaya