Struktur organisasi Kodam XVII/Trikora disusun dalam dua tingkat yaitu tingkat Markas Komando dan Tingkat Satuan Pelaksana Kodam XVII/Trikora

Komando Markas terdiri dari 4 eselon yaitu :
TINGKAT MARKAS KOMANDO
1. Eselon Pimpinan Pangdam XVII/Trikora
2. Eselon Pembantu Pimpinan terdiri dari
a. Kepada Staf Kodam (Kasdam)
b. Asisten Intelijen
c. Asisten Operasi
d. Asisten Personil
e. Asisten Logistik
f. Asisten Teritorial
g. Asisten Perencanaan
3. Eselon Staf Pelayanan terdiri dari :
a. Sekretariat Umum Kodam XVII/Trikora
b. Sandi Kodam XVII/Trikora
c. Informasi & Pengolahan Data Kodam
VI/Tanjungpura
d. Detasemen Markas
4. Eselon Badan Pelaksana Kodam XVII/Trikora
a. Penerangan Kodam XVII/Trikora
b. Pembinaan Mental Kodam XVII/Trikora
c. Jasmani Kodam XVII/Trikora
d. Topografi Kodam XVII/Trikora
e. Badan Pembinaan Administrasi Veteran dan
Cadangan
f. Ajudan Jenderal Kodam XVII/Trikora
g. Perbekalan dan Angkutan Kodam XVII/Trikora
h. Keuangan Kodam XVII/Trikora
i. Hukum Kodam XVII/Trikora
j. Perhubungan Kodam XVII/Trikora
k. Peralatan Kodam XVII/Trikora
l. Zeni Kodam XVII/Trikora
m. Polisi Militer Kodam XVII/Trikora
n. Kesehatan Kodam XVII/Trikora

TINGKAT KOMANDO SATUAN PELAKSANA KODAM
1. Korem 171/PVT
2. Korem 172/PWY
3. Korem 173/PVB
4. Resimen Induk Militer Kodam XVII/Trikora