Struktur organisasi Kodam XVI/Patimura disusun dalam dua tingkat yaitu tingkat Markas Komando dan Tingkat Satuan Pelaksana Kodam XVI/Patimura

Komando Markas terdiri dari 4 eselon yaitu :
TINGKAT MARKAS KOMANDO
1. Eselon Pimpinan Pangdam XVI/Patimura
2. Eselon Pembantu Pimpinan terdiri dari
a. Kepada Staf Kodam (Kasdam)
b. Asisten Intelijen
c. Asisten Operasi
d. Asisten Personil
e. Asisten Logistik
f. Asisten Teritorial
g. Asisten Perencanaan
3. Eselon Staf Pelayanan terdiri dari :
a. Sekretariat Umum Kodam XVI/Patimura
b. Sandi Kodam XVI/Patimura
c. Informasi & Pengolahan Data Kodam
VI/Tanjungpura
d. Detasemen Markas
4. Eselon Badan Pelaksana Kodam XVI/Patimura
a. Penerangan Kodam XVI/Patimura
b. Pembinaan Mental Kodam XVI/Patimura
c. Jasmani Kodam XVI/Patimura
d. Topografi Kodam XVI/Patimura
e. Badan Pembinaan Administrasi Veteran dan
Cadangan
f. Ajudan Jenderal Kodam XVI/Patimura
g. Perbekalan dan Angkutan Kodam XVI/Patimura
h. Keuangan Kodam XVI/Patimura
i. Hukum Kodam XVI/Patimura
j. Perhubungan Kodam XVI/Patimura
k. Peralatan Kodam XVI/Patimura
l. Zeni Kodam XVI/Patimura
m. Polisi Militer Kodam XVI/Patimura
n. Kesehatan Kodam XVI/Patimura

TINGKAT KOMANDO SATUAN PELAKSANA KODAM
1. Korem
2. Korem
3. Korem
4. Korem
5. Resimen Induk Militer Kodam XVI/Patimura