Struktur organisasi Kodam VI/Tanjungpura disusun dalam dua tingkat yaitu tingkat Markas Komando dan Tingkat Satuan Pelaksana Kodam VI/Tanjungpura.

Komando Markas terdiri dari 4 eselon yaitu :
TINGKAT MARKAS KOMANDO
1. Eselon Pimpinan Pangdam VI/Tanjungpura
2. Eselon Pembantu Pimpinan terdiri dari
a. Kepada Staf Kodam (Kasdam)
b. Asisten Intelijen
c. Asisten Operasi
d. Asisten Personil
e. Asisten Logistik
f. Asisten Teritorial
g. Asisten Perencanaan
3. Eselon Staf Pelayanan terdiri dari :
a. Sekretariat Umum Kodam VI/Tanjungpura
b. Sandi Kodam VI/Tanjungpura
c. Informasi & Pengolahan Data Kodam
VI/Tanjungpura
d. Detasemen Markas
4. Eselon Badan Pelaksana Kodam VI/Tanjungpura
a. Penerangan Kodam VI/Tanjungpura
b. Pembinaan Mental Kodam VI/Tanjungpura
c. Jasmani Kodam VI/Tanjungpura
d. Topografi Kodam VI/Tanjungpura
e. Badan Pembinaan Administrasi Veteran dan
Cadangan
f. Ajudan Jenderal Kodam VI/Tanjungpura
g. Perbekalan dan Angkutan Kodam VI/Tanjungpura
h. Keuangan Kodam VI/Tanjungpura
i. Hukum Kodam VI/Tanjungpura
j. Perhubungan Kodam VI/Tanjungpura
k. Peralatan Kodam VI/Tanjungpura
l. Zeni Kodam VI/Tanjungpura
m. Polisi Militer Kodam VI/Tanjungpura
n. Kesehatan Kodam VI/Tanjungpura

TINGKAT KOMANDO SATUAN PELAKSANA KODAM
1. Korem 091/ASN
2. Korem 101/ANT
3. Korem 102/PJG
4. Korem 121/ABW
5. Resimen Induk Militer Kodam VI/ TPR